不同芽菜的種子，在萌發(fā)時對外界環(huán)境的要求是不同的，同一種芽菜的種子因其生理狀態(tài)不一致，在萌發(fā)過程中也存在著差異。因此影響種子發(fā)芽的因素有外在因素和內在因素。外在因素包括水分、溫度、氧氣等主要條件，光線、二氧化碳等因素對種子萌發(fā)也有不同程度的影響。內在因素包括種子的成熟度、成熟期間氣候條件的影響、種子貯藏時間等。
1.水分 水分是種子萌發(fā)的首要條件。種子在萌發(fā)之前必須吸足一定量的水分，才有可能使種子中一部分貯藏物質變?yōu)槿苣z，同時使酶活化或合成而起催化作用。不同種類的種子吸水量有很大差異，一般講含蛋白質多的種子吸水量高于含淀粉多的種子；而富含脂肪的種子吸水量低于含淀粉多的種子。影響種子吸水的外界因素主要是溫度，溫度增高，不僅吸水快，而且吸水總量也增大。
2.溫度 種子發(fā)芽要求一定的溫度，這與酶的作用對溫度有一定的要求有關。溫度低反應就減慢或停止，隨著溫度增高，反應開始加快。但酶本身是蛋白質，溫度過高酶本身將受到破壞而失去活性，因而芽菜種子在發(fā)芽過程中對溫度要求就表現(xiàn)出最低、最適、最高的溫度三基點。
溫度對發(fā)芽速率和發(fā)芽率有很大的影響，在不同溫度條件下二者均會發(fā)生較大的變動。在最適溫度下不僅發(fā)芽最為迅速，而且發(fā)芽率也高；在溫度較高的情況下，發(fā)芽率隨溫度升高而降低，不能達到最高發(fā)芽水平。
種子原始生活力和貯藏時間的長短，在一定程度上影響種子發(fā)芽溫度三基點。原始發(fā)芽力較低的種子在發(fā)芽時對溫度適應范圍較窄，其最適溫度的幅度范圍縮小。
3.氧氣 種子在貯藏期間進行微弱的呼吸，只需少量氧氣，但在發(fā)芽時，呼吸作用特別旺盛，這時酶的活動、某些生化過程的進行、激素的合成等均需氧氣。在氧氣不足時，種子內乙醇酸脫氫酶誘生乙醇、乳酸脫氫酶產(chǎn)生乳酸，乙醇和乳酸對種子發(fā)芽產(chǎn)生有害作用。在缺氧或無氧條件下種子萌發(fā)時，胚乳貯藏的物質轉化受阻，使胚得不到充足營養(yǎng)而影響發(fā)育。因而在種子發(fā)芽階段必須注意氧氣的供應，以保證種子正常發(fā)芽。