新疆棉花品種用三個字來形容：多、亂、雜，目前新疆有全國各省區(qū)的棉花品種，還有新疆本土選育的棉花品種，大體上可分為幾個系列：

1)魯棉品種

魯棉系列品種是由山東省棉花研究中心育成，大部分品種屬中熟陸地棉品種。豐產(chǎn)性好，纖維品質(zhì)符合紡織工業(yè)要求，對棉鈴蟲也有一定的抗性。在黃萎病輕的年份或田塊種植具有一定的增產(chǎn)潛力，目前魯棉系列品種的纖維品質(zhì)及豐產(chǎn)性優(yōu)點較為突出，抗病性屬中等，一般品種在輕病田或無病田有較好表現(xiàn)，但重病田相對表現(xiàn)要弱。常規(guī)棉品種如魯棉研21、魯棉研28、魯棉研35等都有很大面積的推廣種植。雜交棉品種如魯棉研15、魯棉研24等。

2) 冀棉品種

冀棉系列品種大部分由河北省農(nóng)林科學(xué)院棉花研究所選育，屬轉(zhuǎn)抗蟲基因中熟陸地棉。一般品種莖桿粗壯，茸毛多，葉片中等大小，葉色深，苞葉大。特點是抗病性相對魯棉系列品種要強，但冀棉系列品種大部分衣分不高。適合在中等病田種植，但需經(jīng)過小面積試種檢驗不同枯、黃萎病生理小種對棉種的影響情況。這幾年種植的冀棉品種如：冀棉168、冀棉169、冀棉616等。雜交棉有碩雜棉系列、冀雜系列等品種。

3)新疆棉品種

新疆棉花品種分為新陸早系列和新陸中系列。

新陸早系列是新疆陸地棉早熟系列，這些棉花品種前幾年大部分由新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院經(jīng)作所、石河子農(nóng)墾科學(xué)院、石河子農(nóng)科院、下試站、七師農(nóng)科所、五師農(nóng)科所等，近幾年有些品種由企業(yè)參與選育，品種選育速度大大加快，新疆北疆適合種植的棉花品種被命名為新陸早系列及新疆陸地棉早熟地區(qū)種植品種。新陸早系列品種特點為早熟、豐產(chǎn)、品質(zhì)優(yōu)，抗病性偏低，不抗蟲。適于西北內(nèi)陸棉區(qū)種植，如有些品種也適合甘肅酒泉等特早熟棉區(qū)。

新陸中系列：新疆陸地棉中熟系列品種一般由新疆農(nóng)科院經(jīng)作所、巴州農(nóng)科院等選育，這兩年也有些企業(yè)參與品種審定，最近兩年也出了些品種，屬中熟陸地棉品種。品種的突出特點二式果枝較多，抗病性、豐產(chǎn)性普遍強于新陸早系列，品種不同果枝夾角略有不同，一般鈴中等，生育期在135天以上，適合南疆積溫條件好的地區(qū)種植。

4)“中”字號棉花品種

“中”字號棉花品種是中國農(nóng)科院棉花所育成的適合我國不同棉區(qū)和不同耕作制度需要的系列棉花品種。中棉所品種在新疆以中熟陸地棉品種較多。中棉所早熟品種一般在內(nèi)地用于麥棉間作套種的棉花品種，具有抗棉鈴蟲，豐產(chǎn)性、衣分較高等特點。

另外，前年還有湘雜棉系列、皖雜棉系列、鄂雜棉系列等，但由于適應(yīng)性等原因推廣面積都不大。

從近十年來新疆各主產(chǎn)棉區(qū)棉花品種，可以看出當前及今后一段時間棉花育種將呈現(xiàn)如下特點和趨勢：第一，育種速度加快，品種更新?lián)Q代周期縮短。第二，品種類型增多。為滿足多種種植模式的需要，由中熟發(fā)展到早熟、中早熟、特早熟。隨著棉花生產(chǎn)的發(fā)展，由單一常規(guī)棉發(fā)展到雜交棉、抗蟲棉、抗旱棉、抗草棉等多類型并舉。第三，品種的抗病性由單抗向兼抗、多抗發(fā)展。目前抗枯萎病的品種較多，抗黃萎病的品種較少且抗性偏低。隨著當今黃萎病在新疆各棉區(qū)的日趨加重和蔓延，抗黃萎育種仍是下一時期的努力方向。第四，育種目標由追求產(chǎn)量與品質(zhì)的同步提高轉(zhuǎn)向穩(wěn)高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗病、抗蟲、抗逆等綜合性狀的普遍提高和改良。第五，適應(yīng)機采棉品種育種將是今后一段時期的主攻方向。