四位一體生態(tài)農(nóng)業(yè)發(fā)展中存在的主要問題及注意事項：
目前，雖然在生態(tài)農(nóng)業(yè)的理論研究、試驗示范、推廣普及等方面已經(jīng)取得了很大成績，但不能否認，還存在著一些問題。這些問題正成為限制生態(tài)農(nóng)業(yè)進一步發(fā)展的障礙，
主要包括下面幾個方面。

（一）理論基礎上不完備
生態(tài)農(nóng)業(yè)是一種復雜的系統(tǒng)工程，它需要包括農(nóng)學、林學、畜牧學、水產(chǎn)養(yǎng)殖、生態(tài)學、資源科學、環(huán)境科學、加工技術以及社會科學在內(nèi)的多種學科的支持。
以前的研究，往往是單一學科的，因此可能對這一復雜系統(tǒng)中的某種組分有了一定的、甚至是比較深入的了解，但是對于這些組分之間的相互作用還知之甚少。因此，需要進一步從系統(tǒng)、綜合的角度，對生態(tài)農(nóng)業(yè)進行更加深入的研究，特別是要素之間的耦合規(guī)律、結構的優(yōu)化設計、科學的分類體系，客觀的評價方法方面。
這種研究應當建立在對現(xiàn)有生態(tài)農(nóng)業(yè)模式進行深入的調(diào)查分析基礎上，必須超越生物學、生態(tài)學、社會科學和經(jīng)濟學之間的界限，應當是多學科交叉與綜合，需要多種學科專家的共同參與，需要建立生態(tài)農(nóng)業(yè)自身的理論體系。

（二）技術體系不夠完善

在一個生態(tài)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中，往往包含了多種組成成分，這些成分之間具有非常復雜的關系。例如，為了在魚塘中飼養(yǎng)鴨子，就要考慮鴨子的飼養(yǎng)數(shù)量，而鴨子的數(shù)量將受到水的交換速度、水塘容積、水體質量、魚的品種類型和數(shù)量、水溫、鴨子的年齡和大小等眾多條件的制約。
在一般情況下，農(nóng)民們并沒有足夠的理論知識和經(jīng)驗對這一復合系統(tǒng)進行科學的設計，而簡單地照搬另一個地方的經(jīng)驗，也是非常困難的，往往并不能取得成功。但目前在生態(tài)農(nóng)業(yè)實踐中，還缺乏技術措施的深入研究，既包括傳統(tǒng)技術如何發(fā)展，也包括高新技術如何引進等問題。

（三）政策方面存在著需要完善的地方

如果沒有政府的支持，就不可能使生態(tài)農(nóng)業(yè)得到真正的普及和發(fā)展。而政府的支持，最重要的就是建立有效的政策激勵機制與保障體系。雖然目前中國農(nóng)村經(jīng)濟改革是非常成功的，但是對于生態(tài)農(nóng)業(yè)的貫徹，還有許多值得完善的地方。
在有些地方，由于政策方面的原因，使得農(nóng)民缺乏對土地、水等資源進行有效的保護的主動性。而農(nóng)產(chǎn)品價格方面的因素，有時也成為生態(tài)農(nóng)業(yè)發(fā)展的一個限制因子。因為對于比較貧困的人口來說，食物安全保障可能更為重要；但對于那些境況較好的農(nóng)民來說，較高的經(jīng)濟效益，可能會成為刺激他們從事生態(tài)農(nóng)業(yè)的基本動力。

（四）服務水平和能力建設不能適應要求

對于生態(tài)農(nóng)業(yè)的發(fā)展，服務與技術是同等重要的。但目前尚未建立有效的服務體系，在一些地方，還無法向農(nóng)民們提供優(yōu)質品種、幼苗、肥料、技術支撐、信貸與信息服務。例如，信貸服務對于許多地方生態(tài)農(nóng)業(yè)的發(fā)展都是非常重要的，因為對于從事生態(tài)農(nóng)業(yè)的農(nóng)民們來說，盈利可能往往在項目實施幾年之后才能得到，在這種情況下，信貸服務自然是必不可少的。
除此以外，信息服務也是當前制約生態(tài)農(nóng)業(yè)發(fā)展的重要方面，因為有效的信息服務將十分有益于農(nóng)民及時調(diào)整生產(chǎn)結構，以滿足市場要求，并獲得較高的經(jīng)濟效益。
另外，盡管必要的激勵機制是十分必要的，但生態(tài)農(nóng)業(yè)應當更趨向于開發(fā)一種機制，以使農(nóng)民們自愿參與這一活動。要想動員廣大的農(nóng)民自覺自愿、并能夠自力更生地通過生態(tài)農(nóng)業(yè)發(fā)展經(jīng)濟，能力建設自然就成為一個十分重要的問題。到目前為止，并沒有建立比較有效的能力建設機制，對于更為重要的基層農(nóng)民來說，很少得到高水平的培訓與學習的機會。

（五）農(nóng)業(yè)的產(chǎn)業(yè)化水平不高

發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)的根本目的是實現(xiàn)生態(tài)效益、經(jīng)濟效益和社會效益的統(tǒng)一，但在中國的許多農(nóng)村地區(qū)，促進經(jīng)濟的發(fā)展、提高人民的生活水平，仍然是一項緊迫的任務。目前生態(tài)農(nóng)業(yè)的實際情況還不能滿足之一需求，因為在一些地方，緊緊依靠種植業(yè)的發(fā)展，難以獲得比較高的經(jīng)濟收益。
世界經(jīng)濟的全球化和中國加入WTO，既為中國生態(tài)農(nóng)業(yè)的發(fā)展提供了新的機遇，也使之面臨著新的挑戰(zhàn)。為適應這一新的形式，生態(tài)農(nóng)業(yè)的發(fā)展還有許多的問題有待解決，而其中，農(nóng)業(yè)的產(chǎn)業(yè)化無疑是一個極為重要的方面。